食品健康捐係為達抑制肥胖問題、促進國民健康之提升，並以對於特定人民課予公法上金錢給付為手段，促使人民之消費型態轉變。故食品健康捐之課徵將對於人民於憲法上所享有之基本權利產生干預，以下對於涉及之基本權利分述之：
一、平等權
憲法第7條平等原則，謂相同事物，應給予相同之處理；不同事物，應給予合理之差別待遇。此原則在稅法領域上，可被具體化為量能課稅原則，亦即對於具有相同經濟負擔能力之人民，課予相同之稅捐負擔；具有不同經濟負擔能力之人民，課予合理之不同稅捐負擔[1]。倘食品健康捐之課徵，將使某些人必須負擔不合理的金錢給付義務，則食品健康捐將有可能違反憲法第7條之保障意旨。[2]
二、財產權
憲法第15條財產權之保障，旨在保障人民對其財產所享有之自由支配、處分或收益之權利，國家不得任意限制或剝奪之。雖然稅捐之課徵乃為國民所應負有之基本義務，於憲法第19條定有明文。然而，在財產權之保障意旨下，稅捐之課徵應僅得對於納稅義務人之收益部分為之，對於生產工具本體或生活所必需之財產尚不得予以課徵，否則將有違財產權保障意旨[3]。故食品健康捐之課徵應符合憲法第15條財產權之保障。
三、生存權
憲法第15條生存權之保障，係要求國家尊重人性尊嚴之價值，並貫徹社會國原則之內涵，故應保障人民均得享受最低標準之生活水平[4]。因此，稅捐之課徵，若過度加重納稅義務人之負擔，使其財產一次次受到侵蝕，而無法維持最低生活標準時，將有違生存權之保障意旨。是故，食品健康捐之課徵若以民生必需品作為課徵標的，則人民將必須支出更多必要成本，以維持生活之最低標準，此可能構成生存權之嚴重侵害[5]。
四、健康權
學說上有認為，依憲法增修條文第10條第5項、第7項、第8項、第9項、與第12項中，可推論出憲法保障個人健康權之意旨[6]。參照司法院大法官解釋第701號羅昌發大法官協同意見書中指出，健康權係包含控制自己健康之權利與享受不受歧視之健康保護體制兩面向，雖於我國憲法中未明文列舉，但從經濟、社會與文化權利國際公約中，可肯認健康權之保障乃為國際趨勢。此外，依照歷來司法院大法官解釋之意旨，多次關切國家對人民健康之照護義務，即便健康權非明文列舉之基本權利，亦應以憲法第22條所稱之其他權利作為基礎，導出健康權保障之內涵[7]。
又食品健康捐課徵之前置工作係劃定何種食品為不健康之食品，而食品是否符合健康標準，係涉及食品對個人健康權之影響程度。故應先由衛生主管機關界定出個人健康權之普遍接受標準，以確定食品健康捐之課徵界限、對象，以及應採取之課徵方式[8]。
五、行為自主權
所謂行為自主權，係指人民可基由其自由意志，決定、形成並支配其行為之權利，或稱「一般行為自由」。此權利係為保障個人享有形成私人領域、建構個人人格發展之空間，以避免國家任意侵犯之。惟此權利之內涵係相當抽象且涵蓋範圍相當廣泛，倘予以基本權利之憲法保障，是否與制憲者有意列舉之基本權利間產生價值衝突？因此，有學者主張，對於行為自主權的保障應僅限於與個人自我認同、人格存續與發展、維持私密生活等事項有重要關聯之自主決定，始得享有憲法層次之保障，如姓名權、隱私權等；而對於無重要關聯之自主決定，如一般生活事項，則非必要予以憲法層次之保障[9]。
從食品消費角度以觀，人民購買並食用各項食品，係依其個人喜好或負擔能力所決定，並透過食品之食用，達到滿足身心靈之需求，因此，食品消費可謂個人維持生活所需與自我人格形塑之一環，應可肯認自由選擇購買食品係個人行為自主權利。惟是否應透過憲法第22條為其基礎，並予以憲法上之保障，仍有相當大的討論空間。
[1] 陳清秀，稅法總論 第28頁。
[2] 台灣經濟研究院，各國食品健康權政策研究，第136頁。
[3] 陳清秀，稅法總論，第66頁。
[4] 陳清秀，稅法總論，第60頁。
[5] 台灣經濟研究院，各國食品健康權政策研究，第137頁。
[6] 李震山，論憲法未列舉之基本權利保障-司法院大法官相關解釋之評析，憲法解釋之理論與實務（第三輯），第375頁以下。
[7] 劉建宏，吸菸者與非吸菸者之人權保障：「吸菸自由」？─兼論「健康權」之內涵，台灣本土法學雜誌，第94期，第5頁。
[8] 台灣經濟研究院，各國食品健康權政策研究，第134頁以下。
[9] 黃昭元，車速限制與行為自主權，月旦法學雜誌第5期，第8頁以下。