壹、學說見解
實質課稅原則產生的背景，係由於稅捐規範在適用上，無法與所欲規範的事實相聯結而達到稅捐法所欲生發的效力，因而以實質課稅原則作為轉換器，並借用民法對於經濟活動事實的評價，解釋、適用稅捐規範[1]。學說上多認為實質課稅原則之基礎為量能課稅原則，或亦作為量能課稅原則之具體表現[2]。但亦有認為在重視的經濟利益存在與否、不受限於事實所呈現的法律形式外衣之意義上，實質課稅原則與量能課稅原則其實不無二致[3]。
實質課稅原則之運用情形在當稅捐規範套用於經濟活動事實並發生不一致時，始有發揮功能的空間。所謂不一致，係指經濟活動事實的形式與實質面向，在稅捐規範的評價上出現不同的結果。例如某一稅捐規範評價某一經濟活動事實的形式面，認為符合課稅要件而予以課稅；但評價該事實的實質面，卻認為不符合課稅要件而不應課稅，反之亦然。此時則出現同一稅捐規範對同一經濟活動事實評價，卻因為形式與實質面的差異，而產生課稅與否的不同結論，此即不一致之情形。
若稅捐規範的適用上出現不一致，則有賴於實質課稅原則加以處理，在立論的基礎上，大致上可分為「法的實質主義」以及「經濟的實質主義」[4]：
法的實質主義主張，經濟活動的事實在法律上可能會呈現「表見事實」與隱藏的「實質事實」兩者，稅捐規範在評價同一個經濟活動事實時，可能會因為表見事實與實質事實的差異，導致出現課稅與否的不同結果。此種不一致的情形，依照實質課稅原則，應以評價「實質事實」為準。
經濟的實質主義主張，稅捐規範在評價經濟活動事實時，會產生兩種事實類型，一種是經濟活動事實產生的經濟成果，稱為「經濟事實」；另一種是經濟活動事實符合稅捐規範的課稅要件後，形成的「法形式事實」。當「經濟事實」與「法形式事實」的結果不一致時，例如依據前者得出需課稅；依據後者得出不須課稅之結論，依照實質課稅原則，應以「經濟事實」為準。
貳、實務見解
一、釋憲實務多採經濟的實質主義
實質課稅原則在釋憲實務上，最早於司法院釋字第420號，將實質課稅原則與「經濟上之意義」連結，可看出大法官認為稅捐規範的解釋著重的是「經濟上之意義」，並得透過實質課稅原則連結稅捐規範與事實的經濟意義。換言之，在前述法的實質主義與經濟的實質主義爭論下，大法官在本號釋字中所採取的見解較偏向經濟的實質主義。此後的釋憲實務，在實質課稅原則的使用上，大多與釋字420號相同而較偏向經濟的實質主義，如釋字第438號、第460號、第496號、第500號、第597號及第700號。
少數見解以釋字第625號為例，旨在說明土地面積計算正確與否可能形成表面的、錯誤的結果(表見事實)，以及隱藏的、正確的結果(實質事實)，依據實質課稅原則，應以實質事實為地價稅之課稅基礎。也就是說，大法官在本號釋字中使用實質課稅原則，其意義較接近法的實質主義，而有別於以往採取的經濟的實質主義。
二、實質課稅原則的憲法依據
實質課稅原則在釋憲實務上的使用，大抵採取釋字第420號的見解，即對於稅法的解釋應衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。就文義上以觀，大法官認為實質課稅原則係公平原則的內涵之一，或更加具體化的原則或解釋方法之一。而公平原則，或可稱為租稅公平，在歷來的釋憲實務上，多數強調憲法第7條的平等原則的審查，但亦有少數強調租稅公平除了平等原則的審查，亦應依憲法第15條及第23條為財產權保障之審查。因此，實質課稅原則若係租稅公平的內涵之一，則若依多數見解，實質課稅原則之憲法依據應為第7條之平等原則，又若依少數見解，則實質課稅原則的憲法依據不可一概而論，至少可從平等原則與財產權保障兩面向實現實質課稅原則。
參、實定法規範
稅捐稽徵法第12條之1規定，涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之(第一項)。稅捐稽徵機關認定課徵租稅之構成要件事實時，應以實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬與享有為依據(第二項)。
納稅者權利保護法第7條規定，涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之(第一項)。稅捐稽徵機關認定課徵租稅之構成要件事實時，應以實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬與享有為依據(第二項)。