中區國稅局北港稽徵所表示：「得申請」不課徵土地增值稅之土地，免納房地合一稅，義務人除應取具「農業用地作農業使用證明書」外，尚須提示經地方稅稽徵機關核發「土地增值稅不課徵證明書」者，才免納房地合一稅。
該所進一步說明，實務上有些農地移轉可能因沒有土地之增值，而土地增值稅為0元，或係因取得「農業用地作農業使用證明書」或「符合農發條例第38條之1土地作農業使用證明書」而自認農地免稅，以致於未在期限內向地方稅稽徵機關提出「不課徵土地增值稅」之申請，若遇到這些情況時，仍須請地方稅稽徵機關認定要出售的農地是否符合不課徵土地增值稅的要件。
該所提醒民眾，土地增值稅繳款書上金額為0元（免稅）時，並不代表該農地就是屬於「土地增值稅不課徵證明書」之適用情形，民眾千萬不要以為只要拿到農用證明，土地增值稅又免稅，就誤認為一定不用課徵房地合一稅。為確保自身權益，在農地買賣移轉前，最好還是先向地方稅稽徵機關申請不課徵土地增值稅，以釐清適用情形，避免事後遭到補稅甚至處罰！