按捐稽徵法第21條第2項係規定稅捐核課期間內,經另發現應徵之稅捐者,仍應依法補徵或並予處罰。所謂「另發現應徵之稅捐」,基於行政處分之形式上確定力,尚不能謂為只要在稅捐核課期間內,即可毫無限制地推翻原核定處分之效力而另行補徵稅款,此由司法院院字第1461號解釋及本院76年5月份庭長評事聯席會議決議意旨即可明瞭。觀諸上開解釋文略以:「再訴願決定有拘束原處分及該決定官署之效力者,係指已訴願之事實業經決定者而言。若另發生新事實,當然得由該管官署另為處分。……」另上開決議文則為:「納稅義務人依所得稅法規定辦理結算申報而經稅捐稽徵機關調查核定之案件,如於法定期間.納稅義務人未申請復查,其原查定處分,固具有形式上之確定力,惟稅捐稽徵機關如因發現新事實或新課稅資料,認確有短徵情形,為維持課稅公平之原則,基於公益上之理由,要非不可自行變更原查定處分,而補徵其應納而未納之稅款(參照本院58年判字第31號判例、司法院院字第1461、1629號解釋)。」故稅捐稽徵機關對於已核定稅捐之案件,須因另行調查發現新事實或新課稅資料,而確定有短徵稅款之情形時,始能變更具形式上確定力之原查定處分,而補徵其應納而未納之稅款。至於本院92年5月份庭長法官聯席會議決議,則係就投資股份有限公司營利事業所得稅結算申報經書面審核核定後,因嗣後作成之法規釋示函令,以該公司係以買賣有價證券為專業而重為核定,則該重為核定是否適法,而為決議。查該決議之爭點,與本件案情有別,尚無援引適用之餘地。
臺灣最高行政法院105年度判字第297號判決